La chiesa dei SS. Pietro e Paolo risulta elencata tra le dipendenze della pieve di Appiano Gentile fin dal XIII secolo, nel XVI secolo era identificata come prepositurale.

Il termine prepositura indica la carica e l’estensione nel tempo e nello spazio, quello di prevosto indica il titolare della carica di prefetto o capo del collegio dei canonici.

Nel 1747, durante la visita dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli nella pieve di Appiano Gentile, nella chiesa prepositurale dei Santi Pietro e Paolo si avevano le confraternite del Santissimo Sacramento, eretta il 7 dicembre 1642, e della Dottrina Cristiana.

Entro i confini della parrocchia di Gerenzano esisteva l’oratorio di San Giacomo apostolo.

Fu sede di vicariato foraneo in luogo dal 1791 al 1971, nella regione III della diocesi. Il vicariato foraneo in luogo di Gerenzano cessò di esistere solo con la revisione della struttura territoriale della diocesi di Milano attuata nel 1971.

Con la revisione della struttura territoriale attuata tra il 1971 e il 1972, è stata attribuita al decanato di Saronno nella zona pastorale IV di Rho.

Dal 1972, a norma del sinodo diocesano 46° (Sinodo Colombo 1972), la dignità prepositurale non comporta più per il parroco alcuna insegna o prerogativa particolare; nella serie annuale delle Guide ufficiali della diocesi, tuttavia, la chiesa ha conservato il titolo di prepositurale.

La Chiesa dei Santi Apostoli Pietro e Paolo presenta un'ampia scalinata all'ingresso, e lateralmente una rampa per un comodo accesso delle persone con disabilità.